ประวัติการตั้งวัดมีสองข้อมูล สำนักงานพุทธศาสนาแห่งชาติระบุว่า วัดไก่เตี้ยสร้างขึ้นราว พ.ศ. 2320 ในปลายสมัยกรุงธนบุรี ขณะที่ประวัติวัดทั้งฉบับกรมการศาสนาและของวัดระบุตรงกันว่า เจ้าพระยารัตนาพิพิธ (สน) สมุหนายก ต้นสกุล สนธิรัตน์ สร้างขึ้นในสมัยรัชกาลที่ 1 บ้างระบุว่าปฏิสังขรณ์ขึ้นใหม่ในรัชกาลที่ 1[3] แต่หนังสือพระประวัติและพระนิพนธ์ สมเด็จกรมพระปรมานุชิตชิโนรส กล่าวว่าผู้สร้างคือพระนรินทราราชเสนี (เผื่อน) บิดาของท่านผู้หญิงอ่อน ภริยาเจ้าพระยารัตนาพิพิธ[4]

วัดได้รับการพัฒนาครั้งใหญ่เมื่อ พ.ศ. 2511 มีการสร้างบูรณปฏิสังขรณ์อาคารเสนาสนะและได้จัดแบบแปลนของวัดใหม่ กล่าวคือ ได้รื้ออุโบสถหลังเดิมที่สร้างขึ้นในสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น เนื่องจากเป็นไม้และผุพังลง โดยได้ก่อสร้างขึ้นใหม่เป็นคอนกรีต มีพิธียกช่อฟ้าเมื่อ พ.ศ .2512 โดยจอมพลถนอม กิตติขจร นายกรัฐมนตรีในขณะนั้น และผูกพัทธสีมาเมื่อวันที่ 1 มีนาคม พ.ศ. 2514[5]